Die Hamburger Hallig besitzt drei Warften:

*Hauptwarft: Auf der Hamburger Hallig, 4 km westlich vom Seedeich des Sönke-Nissen-Kooges, hat keinen eigenen Namen. Sie hat drei Gebäude:
-Gaststätte „Hallig Krog“, die von Ostern (spätestens jedoch 1. April) bis 31. Oktober bewirtschaftet ist
-Einen Stützpunkt des NPS/NationalparkService mit Praktikantenwohnung (nur zeitweise im Sommer bewohnt)
-„Watt-Werkstatt“ (Ausstellung und Labor vom NPS)

*Kuhberg: Etwa 300 m südlich der Hauptwarft liegt auf der Hallig noch der Kuhberg, eine niedrige, unbebaute Warft, die als Rettungshügel für Schafe bei leichten Landuntern dient.

*Schafsberg: 2 km westlich und genau auf der Hälfte des Weges zur Hallig liegt als Warft der „Schafberg“ mit NABU-Nationalparkstation und Informationszentrum, das „Claus-Jürgen Reitmann-Haus“. Die Unterkunft ist nur zeitweise von ehrenamtlichen NABU-Naturschutzwarten bewohnt. Der Schafsberg liegt im Vorland vor dem Sönke-Nissen-Koog, also nicht mehr auf der Hamburger Hallig.